Ý tưởng về việc thành lập các thiết chế nhân quyền quốc gia đã có từ rất sớm. Chẳng hạn, ở Thụy Điển, một thiết chế "đại diện người dân" hay "bảo vệ người dân", gọi là Ombudsman, đã được thành lập từ năm 1809,[9] với chức năng giám sát các cơ quan hành chính thông qua tiếp nhận và giải quyết khiếu nại của người dân. Sau chiến tranh Thế giới thứ II, vào năm 1946, song song với việc soạn thảo Tuyên ngôn Nhân quyền Phổ quát tại LHQ, Hội đồng Kinh tế và Xã hội đã xem xét vấn đề thiết chế nhân quyền quốc gia và kêu gọi các nước thành viên Liên Hợp Quốc thành lập "các nhóm thông tin hoặc các ủy ban nhân quyền địa phương".

Hội đồng quốc tế về chính sách nhân quyền của LHQ báo cáo rằng các cơ quan nhân quyền quốc gia thường được thành lập theo ba cách chính: tại các quốc gia đang gặp xung đột (thường là nội bộ như Nam Phi, Ireland hoặc Tây Ban Nha) hoặc để phản hồi các khiếu nại về vi phạm nhân quyền nghiêm trọng.[10] NHRI cũng có thể được thiết lập để đảm bảo an ninh thể chế trực tiếp, như một cơ quan được coi là giải quyết các vấn đề phổ biến (như ở Mexico và Nigeria), hoặc cuối cùng là nhấn mạnh và củng cố các biện pháp bảo vệ nhân quyền khác (như ở Úc và New Zealand). Chính phủ các nước muốn thành lập các thiết chế riêng phản ánh ý kiến và bản sắc văn hóa của họ hiệu quả hơn. Điều này cho phép các quốc gia thiết lập các chương trình nghị sự riêng phản ánh tính cá nhân của họ.

Ủy ban Nhân quyền Liên Hợp Quốc đã thông qua các nghị quyết vào năm 1992, trong đó khuyến nghị những nước nào chưa có bất kỳ thiết chế nhân quyền quốc gia nào nên thúc đẩy các tổ chức này, và cũng thúc đẩy sự phát triển của những nước đã có thiết chế nhân quyền quốc gia. Vào cuối thế kỷ 20, Ủy ban Liên hợp quốc sẽ đảm nhận các nhiệm vụ đòi hỏi sự tham gia của quốc tế. Các thỏa thuận nhân quyền khu vực cũng khuyến khích sự phát triển và thành lập các tổ chức nhân quyền thông qua các hỗ trợ kỹ thuật theo các thỏa thuận quốc tế (như Diễn đàn của các tổ chức nhân quyền quốc gia châu Á-Thái Bình Dương).

Thiết chế nhân quyền quốc gia ở một số quốc gia thành viên hoạt động ở cấp quốc tế và khu vực (chẳng hạn như ở Liên minh châu Âu).[11] Các thiết chế này vận hành như một cơ chế phòng ngừa phân biệt đối xử với các nhóm thiểu số hoặc tội phạm quốc tế (như tra tấn). Thẩm quyền và chuyên môn mà thiết chế nhân quyền quốc gia nắm giữ thông thường tạo cho họ khả năng thúc đẩy đối xử bình đẳng. Cuối cùng, các thiết chế nhân quyền quốc gia là một công cụ hữu ích trong việc hỗ trợ các quốc gia tuân thủ các chuẩn mực nhân quyền quốc tế bằng cách cung cấp một quan điểm khách quan duy nhất và đề cập cũng như giải quyết các vấn đề ở cấp độ trong nước.

Bổ sung cho Liên Hợp Quốc, các thiết chế nhân quyền quốc gia đang bảo vệ và cung cấp các giải pháp toàn diện và rộng khắp. Tuy nhiên, một số quốc gia không sẵn sàng thực hiện các biện pháp này và Liên Hợp Quốc không thể tiến hành giám sát rộng rãi và mang tính phân tích. Để cơ quan nhân quyền quốc gia có tính chính danh, hiệu quả và đáng tin cậy, cơ quan này phải độc lập và hiệu quả.[12] Một trong những công cụ hiệu quả nhất mà NHRI có là vị trí độc nhất giữa trách nhiệm của chính phủ và quyền của xã hội dân sự và các tổ chức phi chính phủ (NGO). Không gian mang tính khái niệm này mang lại cho NHRI một vai trò đặc biệt tích cực, hoạt động như một dịch vụ bảo vệ cho người dân và để giữ cho nhà nước và các cơ quan khác chịu trách nhiệm về các vi phạm nhân quyền. Tuy nhiên, độc lập với chính phủ và các tổ chức phi chính phủ là khó khăn lớn khi tính đến tài trợ và các mối quan hệ làm việc. Ở hầu hết các quốc gia, họ nhận được tài trợ của chính phủ, và cũng được tạo ra và bổ nhiệm bởi một cơ quan chính phủ. Điều này tạo ra phần nào nghĩa vụ song song và làm mờ ý tưởng về quyền tự chủ của các tổ chức và khiến cho việc theo đuổi chương trình nghị sự riêng trở nên khó khăn hơn.